Le site d'
Illiat est occupé dès la période gallo-romaine. Une table d'autel en marbre blanc du VIe siècle témoigne de cette époque.
On trouve trace de la paroisse d'
Illiat à partir de 1250, où il est fait mention de l'Ecclésia d'lllié, dépendant du Diocèse de Lyon. La seigneurie et la paroisse appartenaient à Hugues de Saix. Le château de Pionneins était entre les mains de la famille de Chabeu.
Illiat se trouve alors à la limite de la Bresse, qui faisait partie de la Savoie, et des Dombes, qui appartenaient aux sires de Beaujeu et faisaient partie de la Bourgogne. Le village était coupé en deux ; certains lieux-dits comme 'La Borne', 'La Barrière' ou 'En Bresse' témoignent de cette séparation.
Illiat est le siège de luttes incessantes, jalonnées d'épisodes violents, d'arrestations, d'enlèvements et de représailles.
Les habitants d'
Illiat qui habitaient en Dombes et travaillaient en Bresse (ou inversement) pâtissaient de cette situation, car ils étaient ainsi assujetis à la dîme et au péage.
Il faudra attendre le début du XVIIe siècle pour que l'Avanon, qui prend sa source au pré des Combettes, soit désigné comme frontière reconnue.
Le village conserve aujourd'hui plusieurs remarquables maisons et fermes anciennes.